車輪樹法

車輪樹法は進化系統情報を直感的
かつ情報豊かに,さらに最も偏り
なく表現するための手法です.

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岩崎 渉
東京大学
大学院理学系研究科
生物科学専攻
メール:
iwasaki AT bs.s.u-tokyo.ac.jp

License

車輪樹法ソフトウェア:
GNU General Public License
その他のコンテンツ:
Creative Commons License

ウェブAPI

もしあなたが開発者なら,ソフトウェアやサービスから車輪樹ウェブAPIを使用することができます.
サンプルクエリは:

http://cwt.cb.k.u-tokyo.ac.jp/webapi.cgi?thres=70&options=rc&trees=0.45%20((Human,Dog),(Mouse,Opossum))%3b0.40%20((Human,Mouse),(Dog,Opossum))%3b0.15%20((Mouse,Dog),(Human,Opossum))%3b

であり,パラメータはthres(非必須)・options(非必須)・trees(必須)の3つです.

thresはコンセンサス系統樹を作成する際の閾値です(デフォルト75).

optionsはオプションを表す1文字のアルファベットを繋げたものです:[r]有根樹使用,[c]カラー表示([d]の際は無視),[t]トポロジーのみ表示,[x]星状車輪樹の生成,[s]厳密な支持値の表示,[d]平均距離の表示.

treesはNewickフォーマットの系統樹群です.それぞれはセミコロンで終わっているものとし,各系統樹の直前には実数値の重みを空白で区切って与えることができます.
この部分が長くなりすぎるときには,HTTP POSTメソッドも利用可能です.
特にセミコロン(%3b)についてはURLエンコーディングを行うことを推奨します(リクエスト終了と解釈され,エラーを引き起こします).

レスポンスはJSONフォーマットで返されます.サンプルは:

{"cwt":"(Human,Dog,Root,Opossum,Mouse)[&&NHX:XN=45|45,0,0,45,40];", "psfile":"http://cwt.cb.k.u-tokyo.ac.jp/files/20100519215614_655.ps", "pngfile":"http://cwt.cb.k.u-tokyo.ac.jp/files/20100519215614_655.png"}

であり,cwtpsfilepngfileの3つのフィールドが含まれます.
cwtNHXフォーマットで表現された車輪樹であり,psfilepngfileはベクター画像ファイルとラスター画像ファイルのURLをそれぞれ示しています.

エラーが起こった場合には,レスポンスにはerrorフィールドのみが含まれます:

{"error":"Loading treefile... Invalid treefile. java.lang.IllegalArgumentException: Non compatible trees at... [omitted] "}

ダウンロードしてプログラムをローカルで走らせることもできます.