車輪樹法

車輪樹法は進化系統情報を直感的
かつ情報豊かに,さらに最も偏り
なく表現するための手法です.

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岩崎 渉
東京大学
大学院理学系研究科
生物科学専攻
メール:
iwasaki AT bs.s.u-tokyo.ac.jp

License

車輪樹法ソフトウェア:
GNU General Public License
その他のコンテンツ:
Creative Commons License

NHXフォーマット

車輪樹はNewickフォーマットを拡張したNHX(New Hampshire eXtended)フォーマットで書くことができます.
このフォーマットでは,車輪樹に含まれる情報を"[&&NHX" and "]"に囲まれた":XN="タグによって表します.
例えば,

(d,a,b,c,(e,f)[&&NHX:B=X])[&&NHX:XN=Y|Z1,Z2,Z3,Z4,Z5]; (左側のノードが根の場合)
または
((d,a,c,b)[&&NHX:B=X:XN=Y|Z1,Z2,Z3,Z4,Z5],e,f); (右側のノードが根の場合)

となります.すなわち,各内側枝に"B="タグを用い各車輪に"XN="タグを用います."XN="タグ内には,Y・バーティカルバー・カンマで分けられたZの値(最初の値が,1番目と2番目の枝によって挟まれた値になるように)を順に記述します.

詳細は論文を参照してください.