車輪樹法

車輪樹法は進化系統情報を直感的
かつ情報豊かに,さらに最も偏り
なく表現するための手法です.

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岩崎 渉
東京大学
大学院理学系研究科
生物科学専攻
メール:
iwasaki AT bs.s.u-tokyo.ac.jp

License

車輪樹法ソフトウェア:
GNU General Public License
その他のコンテンツ:
Creative Commons License

車輪樹を作成する

Newickフォーマットで表現された系統樹群を,以下のように1行に1系統樹ずつ入力してください.
(セミコロンの直後以外の改行は無視されます.)

(((a,b),c),(d,(e,f)));
(((a,c),d),(b,(e,f)));
((a,d),(b,e),(c,f));

(こういった系統樹群を得るための方法についてはこちらのページを参照してください)

系統樹群をペーストしてください:サンプルをペースト
オプション:
コンセンサス系統樹作成における閾値(デフォルト75):
カラー表現を用いる(平均距離表示のときは無視されます):
有根樹を用いる:
トポロジーのみ表現する:
星状車輪樹を作成する:
2次元レイアウト時の枝の広がりパラメータ(デフォルト1.5):
(以下のオプションについては論文を参照してください)
厳密な支持値を表示する:
平均距離を表示する:

または,系統樹群の書かれたファイルをアップロードすることもできます:
オプション:
コンセンサス系統樹作成における閾値(デフォルト75):
カラー表現を用いる(平均距離表示のときは無視されます):
有根樹を用いる:
トポロジーのみ表現する:
星状車輪樹を作成する:
2次元レイアウト時の枝の広がりパラメータ(デフォルト1.5):
(以下のオプションについては論文を参照してください)
厳密な支持値を表示する:
平均距離を表示する:

注意点:
1.各系統樹は同じ系統群に対して作成されたものである必要があります.
2.各系統樹には重み(確率)を与えることができます(行の先頭に実数を書き,空白の後にNewickフォーマットの系統樹を書きます)

サンプル:
fig4-5.txt(実際の大規模データ:菌類進化データベースFUNYBASEからダウンロードした246の系統樹群)
fig1.txt / fig2.txt / fig6.txt / fig6withLengths.txt(人工の小規模データ)
(ファイル名は論文中の図表番号に対応しています)

もしあなたが開発者なら,ウェブAPIも使うことができます.
また,ダウンロードすることでローカルでプログラムを動作させることもできます.