車輪樹法

車輪樹法は進化系統情報を直感的
かつ情報豊かに,さらに最も偏り
なく表現するための手法です.

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岩崎 渉
東京大学
大学院理学系研究科
生物科学専攻
メール:
iwasaki AT bs.s.u-tokyo.ac.jp

License

車輪樹法ソフトウェア:
GNU General Public License
その他のコンテンツ:
Creative Commons License

ダウンロード

車輪樹作成プログラムをローカルで動作させるには,

1.Java SE 5.0またはそれ以上をインストールします(コマンドjava -versionでJavaの有無・バージョンを調べることができます).JavaはJavaウェブサイトから入手できます.

2.以下のファイルをダウンロードし,同じディレクトリに置いてください:
i) CentroidWheelTree.jar
ii) concorde または concorde.exe(実行可能ファイル):Concordeウェブサイトから入手できます.
iii) phyutility.jarPhyutilityウェブサイト
iv) xmlgraphics-commons-1.3.1.jar および
v) commons-io-1.3.1.jarApache XML Graphics Commonsウェブサイト
vi) args4j-2.0.12.jarArgs4jウェブサイト

3.以下のコマンドを入力します.
java -jar CentroidWheelTree.jar [-a N] [-c] [-d] [-r] [-s] [-t] PathToTreeFile
-a N : コンセンサス系統樹作成の閾値(デフォルト75.星状車輪樹を作成するには100以上の値を入力してください)
-c : カラー表示(-dオプションが指定されていた際には無視されます)
-d : 平均距離の表示
-r : 有根樹の使用
-s : 厳密な支持値の表示
-t : トポロジーのみ表示
4..nhx・.ps・.pngの各ファイルと,中間ファイルおよびログファイルが生成されます.
これらのファイルについては車輪樹の例およびNHXフォーマットを参考にしてください.

注意点:
サンプルの系統樹群ファイルは車輪樹を作成するからダウンロード可能です.
もし異なった(より新しい)バージョンのjarファイルを使用する場合には,クラスパスを明示的に指定する必要があります.

このソフトウェアはGNU General Public Licenseの下で配布されます.ソースコードはこちらからダウンロードできます.